Piše se i jedno i drugo.

Čistoća znači stanje ili osobina onoga što je čisto, bez prljavštine, uredno: čistoća ruku; finoća plemenitih metala: čistoća zlata.
Čistota znači stanje onoga što je čisto u estetskom i moralnom smislu: čistota duše, čistota stila ili znači isto što i čistoća.