Piše se i jedno i drugo.

Jer je uzročni veznik koji pokazuje odnos uzroka prema posledici i vezuje uzročnu zavisnu rečenicu sa glavnom rečenicom. Nije došla jer se razbolela.
Ne može se naći na početku upitne rečenice: *Jer Dunja bila danas u školi?
Pitanje postavljamo sa je l': Je l' Dunja bila danas u školi?
Je l' je skraćeno od je(ste) li. Je je enklitički oblik glagola jesam (biti) a li je upitna rečca. Je l' (da li je) jasno? Da, jer (zato što) smo pročitali prethodni pasus.