Piše se i jedno i drugo.
Za oba oblika postoji jezičko opravdanje, ali bi bilo bolje upotrebljavati oblik šifarnik jer za njega postoji više potvrda u jezičkim priručnicima.
Na osnovu šifr- dodaje se sufiks -nik, pa se u suglasničku grupu -frn-, koja je teška za izgovor, umeće nepostojano a i dobijamo šifarnik. Isto i u šifarski, pridev zabeležen u Rečniku Matice srpske, ili cifarnik i cifarski (dobijeno na isti način kao šifarnik i šifarski) od cifra, takođe zabeleženo u Rečniku Matice srpske i Pravopisnom rečniku M. Šipke.
Od osnove šifr- grade se imenice, pridevi i glagoli: (de)šifrant, (de)šifrovanje, šifriranje, šifrantski, (de)šifrovati, odnosno, šifrirati, sve potvrđene u Rečniku Matice srpske. Oblik šifrarnik se može dobiti od osnove šifr- nastavcima ar i -nik.